O Programa dispõe de funcionário treinado para auxílio aos docentes e discentes nos processos e fluxos de submissão e comunicação com as Comissões de Ética em Pesquisa (CEP). A Disciplina de Pós-Graduação “Bases Metodológicas da Pesquisa Científica” dedica parte da carga horária ao tema “Boas Práticas em Pesquisa Clínica”. Em relação à pesquisa experimental, o Programa tem a Disciplina específica “MAN5741 – Boas práticas anestésicas em pesquisa experimental” onde o tema é extensamente discutido.
O Programa submete os projetos de pesquisa à avaliação de quatro CEP institucionais, conforme a origem do projeto proposto:
- Comissão de Ética em Pesquisa do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (CAPPesq): a esta CEP, são atualmente submetidos os projetos de pesquisa clínica a serem executados nos Institutos do Hospital das Clínicas, exceto do Instituto do Câncer. A CEP tem plataforma digital própria para submissão dos projetos e as reuniões da comissão são quinzenais. Até a criação do CEP-FMUSP e do CEUA, esta CEP era responsável pela avaliação de todos os projetos de pesquisa institucionais.
- Comissão de Ética em Pesquisa da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (CEP-FMUSP): criada em 2011, a esta CEP são submetidos os projetos de pesquisa clínica a serem executados na Faculdade de Medicina, no Instituto do Câncer e em instituições externas à Universidade que utilizam a CEP institucional. Discentes que realizarão coleta de dados em outras instituições devem ter o projeto de pesquisa aprovado na CEP da instituição de origem e também nesta CEP. A CEP tem plataforma digital própria para submissão dos projetos e se reúne quinzenalmente para deliberação sobre a análise prévia dos projetos realizada pelos membros da comissão. Da criação desta CEP até 2013, os projetos clínicos e aqueles da CEUA (descrita abaixo) eram avaliados pela mesma comissão.
- Comissão de Ética para o Uso de Animais da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (CEUA-FMUSP): com regimento criado em 2010, esta Comissão de Pesquisa funcionou em conjunto com a CEP-FMUSP até 2013, quando foi oficialmente desmembrada por determinação da Comissão Nacional de Ética em Pesquisa.
- Comissão de Ética em Pesquisa do Hospital Universitário da Universidade de São Paulo (CEP-HU): a esta CEP, são submetidos projetos de pesquisa a serem realizados no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo.
Quando necessário, a comunicação com CONEP e ANVISA é realizada através dos CEPs correspondentes aos Projetos de Pesquisa.
Todos os Comitês de Ética são compostos por membros que se reúnem regularmente e são vinculados aos órgãos reguladores competentes. Até a criação da CEP-FMUSP em 2011 e da CEUA em 2013, a CAPPesq era responsável pela avaliação de todos os projetos clínicos e experimentais em animais. Conforme a legislação agora vigente, os projetos experimentais em animais são todos submetidos à Comissão de Ética específica (CEUA).
Os discentes envolvidos em Projetos de Pesquisa Clínica são orientados a registrarem o projeto na Plataforma ClinicalTrials.gov quando do início da coleta de dados.